原名恺，字子可，又字引康，常州人。出身于书香门第。父方骏谟曾为曾国藩幕僚。幼时因奶妈不慎，将其摔伤脊背造成终身偻疾。方从小随父客居在外，由父授以学业。读书刻苦用功，对地理、历史、军政、兵术、历法、算学等书，无所不读，且都学有所成。清同治元年(1862)客居安徽时，有一次曾国藩涉足他家，偶见其文，非常赏识，遂加褒奖，使他文名盛传。清光绪五年(1879)，被两广总督张树声聘至广州，执教数学先后达10年之久，为广东培养了一大批数学实用人才。光绪十年张之洞继任两广总督，令其编纂《广东海道图志》(5卷)。此书出版后，得到各方人士的赞赏和好评，学名更盛。他擅长“西洋形数测量之学”，凡译书中遇有译错之处，经他过目，立可明辨纠错。当时即“以天算地舆专家盛名于世”。一生著有《易说》(2卷)、《春秋朔闰考》(2卷)、《经文通释》、《勾娄文》(6卷)、《诗》(2卷)、《勾娄词》；在史学方面有《平定三藩月表》、《平定发匪月表》、《方元徵年状》；舆地方面有《晋书地理志考证》(2卷)、《晋书地理志校补》(1卷)、《宁绍台三府图稿》、《光绪粤海图说》(5卷)、《长江图稿》(附安徽府厅图稿)、《四裔古国疆域考》、《地球图例》、《西汉百三郡国图》、《武功县志证误》、《朝邑县志证误》；历算方面有《三统历衍式》(3卷)、《代数阐蕴》(16卷)、《代数通艺录》(16卷)。