字叔谋，一字菘耘，常州人。出身官宦家庭。清同治三年(1864)考取举人，议叙知县。清光绪元年(1875)调至湖北，历任盐法道、武昌道。任上曾镇压王觉一教民起义。任期对疏浚武胜门外塘角河道、缓解望山门外鲇鱼套口水流量、减少商船失事有较大贡献。光绪十五年调任储粮道、汉黄德道兼江汉关监督。到任后他鉴于汉江商船樯帆林立，襄河水涨易覆等隐患，便在襄河的上方襄樊，创设一种测水报警装置，竖牌鸣声，以便及时提醒撑船者采取措施。后晋升按察使，光绪二十二年调任浙江布政使。对水利建设十分重视，曾于嘉兴开挖泖河，疏港建闸，以资蓄水。在杭州疏浚上塘河，使临平、乔司等处30余万亩农田得到了灌溉以后，浙江东部上虞南塘大水，南岸土坝都被冲垮，他全部重新修筑，并用石块驳岸，筑成石坝全长1100丈，以防水患。

　　光绪二十六年，义和团起义，攻克浙江西部江山、常山等县，临近的衢州人民鉴于传教士平时骑在人民头上作威作福，趁机会同义和团烧教堂，杀传教士和清廷宫吏，打击了传教士的气焰。英帝国主义为此借机调集兵舰，开往衢州准备掠夺。恽祖翼恐清廷怪罪于他，立即亲自率兵前往衢州镇压人民起义，并将首领捕获交英军处置，平息英舰衅事。接着，他代表巡抚刘树棠(因病开缺)加入张之洞、刘坤一、盛宣怀发起的“东南互保”。同年11月刘去职，他递补浙江巡抚。曾以“浙省防练各营私弊”甚多，上奏清廷提出整饬办法立功受奖。光绪二十七年母病开缺回常州，不料突发咯血症于7月病逝。清廷曾授以兵部尚书衔。著有《奏议》、《鄂游偶识》、《浙游续识》和《浙省地漕减浮厘捐核实细数备考》等。