字子山，原籍河南，父陈安国为晋陵尹，祖仁从父就读于常州。元至正二年(1342)，中一甲一名进士(状元)，授修撰。历任侍讲学士、甘肃行省参政、国子祭酒、枢密副使、翰林学士、中书参知政事等职。当时天下大乱，他性刚直，对挽救危亡屡进忠言，不为决策者所纳，仍回翰林院为学士。后又改任太常礼仪院使。

　　至正二十七年八月，明徐达率大军进取山东。元廷怀疑扩廓帖木儿有叛逆之心，遂削其兵权；同时为皇太子设立大扶军院，总制天下兵马。他上书谓扩廓势力已衰；而明军迅速迫近，危及元朝统治，应分清轻重，改变政策。又上书皇太子，谓皇上诏削扩廓兵权，然其兵马恰为明军所忌。扩廓也屡次上疏表白，当此危急之际，应竭力勉励他们为朝廷出力，岂可使数万军队弃于一旁不用呢?但朝廷无视这些意见。直到来年闰七月，才复扩廓之职。但为时已晚，徐达已经兵临城下了。

　　时势危急，顺帝召后妃太子等商议，打算逃往上都，命太常礼仪院官员奉载太庙里的神主，随太子北行。祖仁等奏道：天子有大事出巡，应奉神主同行，现神主从太子出行，不合礼仪。顺帝准将神主还守太庙待命。未料顺帝于夜半开建德门北奔。他守护神主，不能随行。八月初二，明军攻入大都(今北京市)，他将出建德门，为乱兵所杀。后晋陵郡人为他筑衣冠冢于怀南乡。

　　他面貌丑陋，身材短小，一目失明，但学识渊博，谏诤宏伟，气节磊落。作文简朴，为诗清丽，世多称之。著有《恒斋遗文》(2卷)。